Bonnes pratiques en bioinformatique : (essayer) d’aller vers plus de reproductibilité

DUBii - Module 5 - Session 3

1 Créer une clé ssh

ssh-keygen -t rsa
ssh-copy-id -i id_rsa.pub login@core.cluster.france-bioinformatique.fr
ssh login@core.cluster.france-bioinformatique.fr

2 Git

mkdir testRepo
cd testRepo
git init

vloux@jj-1404-port196 ~/tmp> mkdir testRepo
vloux@jj-1404-port196 ~/tmp> cd testRepo
vloux@jj-1404-port196 ~/tmp> git init
Initialized empty Git repository in /Users/vloux/tmp/testRepo/.git/

echo 'my first line' > firstFile

git status

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> echo 'my first line' > firstFile

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo>   git status
On branch master

No commits yet

Untracked files:
  (use "git add <file>..." to include in what will be committed)
    firstFile

nothing added to commit but untracked files present (use "git add" to track)

git add firstFile
git commit firstFile -m "Premier commit"

git status

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git add firstFile
vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git commit firstFile -m "Premier commit"
[master (root-commit) 53e1cbc] Premier commit
 1 file changed, 1 insertion(+)
 create mode 100644 firstFile
vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git status
On branch master
nothing to commit, working tree clean

echo 'seconde modif' >> firstFile

git status
git diff

git commit -m "ajout de la deuxième ligne" firstFile

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git status
On branch master
Changes not staged for commit:
  (use "git add <file>..." to update what will be committed)
  (use "git restore <file>..." to discard changes in working directory)
    modified:   firstFile
vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git diff
diff --git a/firstFile b/firstFile
index b1a9f66..d491802 100644
--- a/firstFile
+++ b/firstFile
@@ -1 +1,2 @@
 my first line
+second modif
vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git commit -m "ajout de la deuxième ligne" firstFile
On branch master
[master b3a2b4c] ajout de la deuxième ligne
 1 file changed, 1 insertion(+)

• Créer un dépôt distant sur Github (1)

2.1 Initialisation du dépôt distant (Github)

• Créer le dépôt distant sur Github
• Noter l’adresse du dépôt dans l’écran suivant.

2.2 Lier le dépôt local et distant

• La commande git remote permet de lier notre dépôt à un dépôt distant, ici test.git
• Par convention, on appelle ce dépôt origin

git remote add origin git@github.com:vloux/test.git
git remote -v

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git remote add origin git@github.com:vloux/test.git
vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git remote -v
origin  git@github.com:vloux/test.git (fetch)
origin  git@github.com:vloux/test.git (push)

2.3 Pousser les modifications locales sur le dépôt distant

LA commande pushpousse les modifications de la branche master (la branche par défaut locale) sur la branche origin(le nom de la branche distante). Le paramètre -u permet de créer la branche de reférence distante et de lier les branches disatntes et locales (et ainsi de se passer des arguments origin master par la suite)

git push origin master -u 

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git push  origin master -u
Enumerating objects: 6, done.
Counting objects: 100% (6/6), done.
Delta compression using up to 8 threads
Compressing objects: 100% (2/2), done.
Writing objects: 100% (6/6), 489 bytes | 489.00 KiB/s, done.
Total 6 (delta 0), reused 0 (delta 0)
To github.com:vloux/test.git
 * [new branch]      master -> master
Branch 'master' set up to track remote branch 'master' from 'origin'

2.4 Verification sur Github des infos

• Connectez vous sur l’interface de Github :
  • trouvez votre dépôt
  • verifiez que vous trouvez bien le fichier que vous avez modifié, les commits

2.5 Modification du dépôt par l’interface

• ajouter un README.md (avec markdown)

• le commiter depuis l’interface

• l’éditer

• commiter la modification

2.6 Récupérer sur le repo local des infos de la branche distante

git fetch
git merge

équivalent à :

git pull

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git fetch
remote: Enumerating objects: 7, done.
remote: Counting objects: 100% (7/7), done.
remote: Compressing objects: 100% (4/4), done.
remote: Total 6 (delta 0), reused 0 (delta 0), pack-reused 0
Unpacking objects: 100% (6/6), done.
From github.com:vloux/test
   b3a2b4c..c61dab3  master     -> origin/master
vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git merge
Updating b3a2b4c..c61dab3
Fast-forward
 README.md | 1 +
 1 file changed, 1 insertion(+)
 create mode 100644 README.md

Nommer des versions (tags)

git tag version1 -m "Initial version"
 
git push  --tags

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git tag version1 -m "Initial version"
version1
vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo>  git push  --tags
Enumerating objects: 1, done.
Counting objects: 100% (1/1), done.
Writing objects: 100% (1/1), 171 bytes | 171.00 KiB/s, done.
Total 1 (delta 0), reused 0 (delta 0)
To github.com:vloux/tesRepository.git
 * [new tag]         version1 -> version1

Comparer à une version précédente

git log

git diff [CommitNumber] aNewFile

vloux@jj-1404-port196 ~/t/testRepo> git diff 53e1cbcc5cab26f6c1550acd159ca30ad2acfeec firstFile
diff --git a/firstFile b/firstFile
index b1a9f66..d491802 100644
--- a/firstFile
+++ b/firstFile
@@ -1 +1,2 @@
 my first line
+second modif

2.7 Cloner un dépôt existant

• Dans le cas d’un dépôt distant existant, on peut directement le cloner en local. Il est lié au dépot distant et les modifications peuvenat ainis être récupérées ( pull) ou poussées ( push) sans avoir besoin de d’abord configurer les liens avec le dépôt distant.

git clone git@github.com:vloux/test.git

git remote -v

3 References

 

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A work by Migale Bioinformatics Facility

https://migale.inrae.fr

Our two affiliations to cite us:

Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France

Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, 78350, Jouy-en-Josas, France